二祖庵，位于河南省登封市少林寺景区钵钵顶少室山。同北方初祖庵相比，庵又称南庵。它是少林地形最高的古建筑。根据《史记》记载，二祖慧立雪断臂，伤于钵钵峰顶，后寺为纪念二祖慧而建此庵。庵建年代大致与初庵同属北宋后期。

二祖庵坐北朝南，是一座完整的四合院，前有山门，东东西各一间，北有大殿。又称魏载殿西配殿内配那罗，又称关帝殿东配殿内配那罗，又称关帝殿菩萨殿内配那罗，又称菩萨殿。大殿已经被毁坏，山门和东西只剩下大殿。二祖殿为硬山式建筑，面宽三间，前檐下有两根明柱。现有大殿应于明嘉靖四十四年时重建。殿中有两祖的画像。明嘉靖、万历、天启、崇祯、清康熙、道光年间修二祖庵。年对二祖庵殿进行了重建，年在原山门上修建了简易门庭式大门和围墙。

二祖庵殿东檐下有一座大铁钟，是在天顺六年(年)正月为二祖庵住僧江耐化缘铸造的。大钟周围有铸字，钟重千斤，有唇，刻八卦。时至今日，这只钟保存完好，响亮。二祖庵院中有四口古井。四眼井传说是由二祖慧可卓锡所造，名曰“卓锡井”或“卓锡泉”。按照古书记载，四井水有不同的味道，当地人称之为“苦，辣，酸，甜”。四眼井人挖的井，卓锡地井只是传说。金末元初杨焕诗云：“时至今日，卓锡地，莹有遗泉。明宣德二年(年)，周鉴《游少林寺诗》云：「山遗卓锡泉。另外，明万历九年(年)王士性的《嵩游记》中也有这样的记载：“泉相去丈许，味不同。这说明古井凿得晚于金代，至少有年的历史。

庵中还保存有明清石刻九通和古柏多股。二祖庵前有三座古塔，如唐万岁登封元年(年)所建之无名塔，元至泰定二年(年)所建之缘公庵主塔，明崇祯二年(年)所建之隐光浦塔。二祖庵内有明嘉靖、万历、天启、崇祯、清康熙、道光九通碑刻，为重修二祖庵碑文所作。

庵南约米有高崖，“少林寺志”云是二祖慧养伤的“经堂”，也叫“养臂台”“炼魔台”。阳光明媚，台上可以看到伊河、罗河和黄河。